Napriek tomu, že sa histamín v tele hromadí postupne, veľmi často sú príznaky histamínovej intolerancie (HIT) zamieňané s bežnou alergiou alebo potravinovou intoleranciu. Je potrebné starostlivo pozorovať najmä opakujúce sa príznaky (pozri nižšie) z dlhšieho časového hľadiska.
Okamžitá IgE hypersenzitívna imunitná odpoveď typu I je všeobecnejšie známa ako alergia na potraviny. Táto reakcia sa zvyčajne vyskytuje veľmi rýchlo (v priebehu niekoľkých minút až hodín) po zjedení problémovej potraviny, pričom príznaky sa pohybujú od mierneho až po závažné.
Intolerancia mlieka a s ňou spojená častá otázka: Ak mám v teste pozitívne mlieko, znamená to, že mám intoleranciu laktózy?